- Верхняя Охтома
- Вожма (река, впадает в Выгозеро)
- Вонгуда (река)
- Выжига
- Ельга (приток Нижней Охтомы)
- Заячка
- Илекса (река, впадает в Водлозеро)
- Кодина (река)
- Кожа (приток Онеги)
- Кушерека (река)
- Кянда (река, впадает в Белое море)
- Малошуйка (река)
- Малый Енгиш
- Мельничная (река, впадает в Носовское озеро)
- Мудьюга (приток Онеги)
- Нелокса
- Нижняя Охтома (приток Илексы)
- Нименьга (река, впадает в Белое море)
- Олова (приток Илексы)
- Онега (река)
- Пекельница
- Пеможа
- Поньга (река)
- Пурнема (река)
- Рименьга (река)
- Рочева (река)
- Солза (река)
- Сывтуга
- Тамица (река, впадает в Белое море)
- Тапшеньга
- Тунуда
- Унежма (река, впадает в Белое море)
- Ухта (приток Илексы)
- Чусрека (приток Илексы)
- Шомокша (река)
- Авнюга
- Айпа
- Алтурсова
- Анаваж
- Ангорица
- Антипина (река)
- Астваж
- Асу-Чим
- Байд-Вож
- Баковская Палуга
- Барма (приток Большой Ирычи)
- Барма (приток Мезени)
- Бездонная
- Бергас-Иоль
- Бердышевка
- Берёзовик (река)
- Берложный
- Бесконечная
- Бичиха
- Блудная (приток Пёзы)
- Боксово
- Бол (приток Бола)
- Бол (приток Уктыма)
- Большая Алтурсова
- Большая Варгуль
- Большая Ватса
- Большая Вельморда
- Большая Визеньга
- Большая Виска
- Большая Дарьица
- Большая Енда
- Большая Ия
- Большая Касфора
- Большая Квахтюга
- Большая Керзеньга
- Большая Кеслома
- Большая Кетьмукса
- Большая Кирокса
- Большая Комша
- Большая Комысь
- Большая Конокса
- Большая Коряжемка
- Большая Кузвель
- Большая Кяма (река)
- Большая Лундюга
- Большая Мадмас
- Большая Нюхмиш
- Большая Ойвож
- Большая Паленьга
- Большая Пола
- Большая Пула
- Большая Пыя
- Большая Рассоха (приток Четласа)
- Большая Сажа
- Большая Свага
- Большая Севаж
- Большая Севк
- Большая Сельменьга
- Большая Симеж
- Большая Сойга