- Большая Речка (приток Чернового Нарыка)
- Бунгарап
- Верхний Камзас
- Кедровая (приток Томи)
- Колгута
- Кыргай (река)
- Нижний Камзас
- Убик (река)
- Чесноковка (приток Касьмы)
- Берикуль (нижний приток Кии)
- Алыкаевка
- Большая Камышная
- Куро-Искитим
- Люскус
- Малая Камышная
- Малая Чесноковка
- Чесноковка (приток Томи)
- Балахонка (река)
- Барановка (приток Балахонки)
- Березовка (нижний приток Томи)
- Большая Ляпка
- Большая Мозжуха
- Большая Подикова
- Большая Промышленная
- Бусалаиха
- Глухая (приток Балахонки)
- Глухая (приток Прямой)
- Голомыска
- Кедровка (приток Чесноковки)
- Мазуровка (приток Большой Камышной)
- Малая Подикова
- Малая Промышленная
- Маручак (река)
- Оленевка (приток Большой Ляпки)
- Прямая (приток Куро-Искитима)
- Садская
- Северная Ключевая
- Таковая (река)
- Хмелевка (приток Большой Подиковы)
- Шумиха (верхний приток Томи)
- Шурчак
- Аба (приток Томи)
- Калзагай
- Тугай (река)
- Чикманчиха
- Акел
- Алзас (приток Большой Осиповой)
- Алзас (приток Тайдона)
- Апанаиха
- Арзас
- Банновка (река)
- Баянзас
- Белая Осипова
- Березовка (верхний приток Томи)
- Большая (приток Мунгата)
- Большая Грязная
- Большая Змеинка
- Большая Осипова
- Большой Тайдон
- Быструха (приток Томи)
- Грязная (приток Томи)
- Еловая (приток Южной Уньги)
- Заломная (приток Томи)
- Ильмень (приток Томи)
- Иркутка (приток Чёрной Осиповой)
- Каменка (приток Томи)
- Каменка (приток Южной Уньги)
- Каменушка (приток Заломной)
- Кедровка (приток Саянзаса)
- Киевка (приток Набочихи)
- Килька (приток Тайдона)
- Кожухта (приток Баянзаса)
- Крутая (приток Большой Осиповой)
- Кучуманда
- Лачиновская Курья
- Ломовая (приток Саянзаса)
- Лягушья
- Малая Грязная
- Малая Осипова
- Малый Тайдон
- Медвежка (приток Тайдона)
- Митиха (приток Южной Уньги)
- Моховка 1-я
- Мунашкина
- Мунгат
- Мутная (приток Экербака)
- Мягкая
- Набочиха
- Пегас (приток Тайдона)
- Пегас (приток Томи)
- Перескокна
- Пиканиха
- Полуденный Алзас
- Поперечная (приток Мунгата)
- Поперечная (приток Чёрной Осиповой)
- Порывайка
- Россыпная
- Саянзас
- Северная Уньга
- Смотрик
- Согровая
- Средняя Грязная
- Староандреевка
- Тайдон
- Талановка (приток Саянзаса)
- Талзас (приток Тайдона)
- Таловка (приток Талановки)
- Тукташ (приток Томи)
- Турала
- Тынгыза
- Тыхта (приток Томи)
- Улуманда
- Уньга
- Ушатиха
- Чесноковка (приток Южной Уньги)
- Шинда (приток Кучуманды)
- Экербак
- Эмки
- Южная Уньга
- Якимовка (приток Заломной)
- Малая (приток Чесноковки)
- Нижняя Черноушка
- Петрушка (приток Чесноковки)
- Тамбовка (приток Северной Уньги)
- Кия (приток Чулыма)
- Амзас (приток Томи)
- Базан (приток Усы)
- Базас (приток Ортона)
- Белая Теба
- Белая Уса
- Белый (приток Чёрной Усы)
- Бельсу
- Берёзовая (приток Тебы)
- Большая Березовка (приток Ортона)
- Большой Кувас
- Большой Тумуяс
- Верхний Казырсу
- Верхний Каттас