- Азас (приток Караджана)
- Азас (приток Мрассу)
- Азас (приток Мундыбаша)
- Азас (приток Пызаса)
- Азас (приток Тельбеса)
- Айзас (приток Мрассу)
- Александровка (приток Кондомы)
- Анжереп
- Анзак
- Анзас (приток Кабырзы)
- Анзас (приток Мрассу)
- Анзас (приток Мундыбаша)
- Антроп (приток Кондомы)
- Атаягаш
- Базанча
- Базас (приток Кондомы)
- Берёзовая (приток Анзаса)
- Большая Викторьевка
- Большая Каменушка (приток Кондомы)
- Большая Суета
- Большой Алзынь
- Большой Калташ
- Большой Меч
- Большой Нымзас
- Большой Таз
- Верхняя Комуста
- Восточный Каз
- Жемжес
- Илюшка
- Кабурчак (приток Кондомы)
- Кабырза
- Каз (приток Кондомы)
- Каз (приток Тельбеса)
- Кайвал
- Кайгыза
- Кайзас (приток Пызаса)
- Калтарак (приток Селезня)
- Калтрык
- Камзас (приток Мрассу)
- Канас (приток Ортона)
- Кантус (река)
- Караджан
- Кашкен
- Кезес
- Керс (приток Тельбеса)
- Киза (река)
- Кизас (приток Мрассу)
- Кистал
- Кичи (приток Кабырзы)
- Кичи (приток Пурлы)
- Когасунуг
- Колзак
- Колзас
- Коура
- Кочура
- Кояндал
- Красный Тенеш
- Кубансу
- Кубань (приток Мунжи)
- Кызас
- Магаза (приток Кабырзы)
- Мазас
- Малая Базанча
- Малая Кондома
- Малая Суета
- Мастакол
- Мундыбаш (река)
- Мунжа
- Повзас
- Порос (приток Пурлы)
- Пурла
- Пызас
- Рамзас
- Сагала
- Саза (приток Антропа)
- Селезень (приток Мунжи)
- Солнзап
- Сольмрас
- Средний Каз
- Средний Меч
- Сумрас
- Сыкзас
- Сынзас
- Сюрь
- Табас (приток Кондомы)
- Таймет
- Талзак
- Тамала (приток Тельбеса)
- Таяс
- Тельбес (приток Кондомы)
- Тельбес (приток Мундыбаша)
- Трубинская
- Туга (приток Анзаса)
- Узас (приток Мрассу)
- Ульба (приток Антропа)
- Уразан
- Уруш
- Учулен (река)
- Хайрюза (приток Камзаса)
- Чебалсу (приток Когасунуга)
- Чёрный Таз
- Чёрный Тенеш
- Чешник (река)
- Чулеш (река)
- Шалым
- Берикуль (верхний приток Кии)
- Кожух (река)
- Кундат
- Кундусуюл
- Сухой Берикуль
- Урюп
- Вагина (приток Стрельной)
- Глубокая (приток Томи)
- Каменка (приток Стрелины)
- Крутая (приток Большой Камышной)
- Курляк
- Мостовая (приток Каменки)
- Сосновка (нижний приток Усть-Стрелины)
- Стрелина
- Стрельная (приток Стрелины)
- Таловка (приток Северной Уньги)
- Топкая (приток Большой Камышной)
- Хорошка
- Ямная (приток Стрелины)
- Большая Северная (приток Чубура)
- Большая Чёрная (приток Томи)
- Граматуха (река)
- Искитим (приток Томи)
- Кандереп
- Канок
- Кунгурка (приток Томи)
- Лебяжья (приток Томи)
- Малая Чёрная (приток Большой Чёрной)
- Никольская (приток Томи)
- Прямая (приток Искитима)
- Скакальная
- Старина (приток Чубура)
- Убиенка (приток Томи)
- Чубур
- Большая Яшка
- Васькина (приток Сосновки)
- Власкова
- Глухая (приток Пачи)
- Еловка (приток Писаной)
- Ельцовка (приток Сосновки)
- Иткара (река)
- Каменка (приток Северной)
- Крутая (приток Северной)
- Кузель (приток Сосновки)
- Кучум (приток Томи)
- Мельничная (приток Сосновки)
- Носкова (приток Васькины)
- Пача (приток Томи)
- Писаная (приток Томи)
- Северная (приток Сосновки)
- Сосновка (приток Томи)
- Тальменка (нижний приток Томи)
- Тугояковка
- Шумиха (нижний приток Томи)
- Ангош
- Артышта (приток Бускускана)
- Бачат
- Бердюшиха (приток Инчерепа)
- Березовский (приток Ини)
- Бирюля (приток Ура)
- Ближний Кулдос
- Ближний Менчереп
- Большая Одинека
- Большая Речка (приток Толмовой)
- Большая Успесь
- Большой Бачат
- Большой Корчуган
- Бормотушка (река)
- Буготак (приток Ини)
- Бускускан (река)
- Васичкина
- Голованиха
- Голодаевка (река)
- Гохали
- Дальний Кулдос
- Дальний Менчереп
- Егозова
- Еловка (приток Бирюли)
- Журавлиха (приток Камышной)
- Золотой Китат (река)
- Иза 3-я
- Изылы
- Иня (нижний приток Оби)
- Искитим (приток Ини)
- Итатка (верхний приток Чулыма)
- Итыкус
- Кадниха
- Кайлы
- Камысла
- Канарбуга
- Каралда (река)
- Карпысак (приток Буготака)
- Касьма
- Кедровка (приток Еловки)
- Киик
- Ключевая (приток Берёзовой)
- Койбыш
- Колтырак
- Коурак (приток Тарсьмы)
- Крутая (приток Сосновки)
- Крутиха (приток Ини)
- Кубанда
- Кубансу
- Куделя (приток Ини)
- Курундус
- Кусьмень
- Кучерь
- Малая Одинека
- Малая Толмовая
- Малый Бачат
- Малый Изылы
- Малый Корчуган
- Маматынь
- Мереть (приток Ини)
- Мереть 2-я
- Митиха (приток Ини)
- Мрассу
- Отшиб
- Подкопённая (река)
- Проскокушка
- Пустынка (река)
- Савиха (приток Ини)
- Салаир (приток Ини)
- Салаирка
- Сары-Чумыш (река)
- Солоновка (приток Ини)
- Сухой Ручей (приток Большого Бачата)
- Тарабариха
- Тарсьма
- Тогучинка
- Толмовая
- Томь (приток Оби)
- Уба (приток Бачата)
- Ур (река)
- Уроп (приток Ини)
- Уроп (приток Уропа)
- Усть-Падун
- Уськанда
- Фролиха (приток Тарсьмы)
- Хомутина (приток Ура)
- Худящевка
- Чебура
- Чебурушка
- Черновой Уроп
- Черта (река)
- Чертанда
- Чигир
- Чумыш
- Шабаниха (приток Ини)
- Шабаниха (приток Колтырака)
- Шелковиха
- Юрман (приток Большого Бачата)
- Ярская
- Яя (река)